Людмила Чмуневич
Редактор раздела "Туризм"

Белки составляют основу живых тканей и играют центральную роль в биологических процессах.

Благодаря десятилетним всемирным совместным усилиям в рамках проекта «Энциклопедия элементов ДНК» (ENCODE) исследователи из Института биотехнологии им. Хадсона Альфа вместе с сотрудниками из других учреждений пытались выяснить важность оставшихся 98 процентов генома. Цель проекта - понять, как функционирует геном человека, и определить важные части генома человека.

ENCODE Третий этап проекта предлагает новое понимание организации и регулирования наших генов и генома

Результаты последней фазы проекта (ENCODE 3) включают многочисленные материалы из лаборатории Майерса в Гудзоне-Альфе и лабораторий Барбары Волд, доктор философии (CalTech); Росс Хардисон, доктор философии (Penn State); Али Мортазави, доктор философии (Калифорнийский университет в Ирвине); и Эрик Менденхолл, доктор философии (Университет Алабамы в Хантсвилле и Гудзоне-Альфе); и были опубликованы 30 июля как сборник из 9 рукописей в журнале Nature , сопровождаемый 21 дополнительным углубленным исследованием, опубликованным в других крупных журналах.

ENCODE финансируется Национальным научно-исследовательским институтом генома человека, который является частью Национального института здравоохранения. Подробный пресс-релиз, описывающий флагманскую газету Nature, можно найти на сайтах NHGRI и Nature .

На третьем этапе исследователи консорциума ENCODE приблизились к своей цели - разработке всеобъемлющей карты функциональных элементов геномов человека и мыши, добавив в базу данных ENCODE миллионы переключателей ДНК-кандидатов, которые регулируют, когда и где включаются гены. ENCODE 3 также предлагает новый реестр, который назначает некоторые из переключателей ДНК на полезные биологические категории.

Исследователи HudsonAlpha проводят крупнейшее на сегодняшний день исследование транскрипционных факторов, выраженных на физиологическом уровне.

В рамках своего вклада в ENCODE 3, менеджер проекта Марк Мацкевич, доктор философии, курировал лаборатории Майерса и Менденхолла в HudsonAlpha в исследовании биологии фактора транскрипции в экспериментах по всему геному с целью расширения знаний об элементах ДНК в геномах человека и мыши. Транскрипционные факторы являются самым большим классом белков в геноме человека и участвуют в создании РНК-копии генов, закодированных в ДНК, которые затем используются для получения белков, которые так важны в клетках.

Все наши клетки (за исключением нескольких небольших исключений) имеют одинаковые две полные копии нашего генома. Однако для того, чтобы более 200 различных типов клеток в нашем теле выполняли разные функции, не все гены могут быть активными (или экспрессированными) в каждом типе клеток. Экспрессия генов регулируется связыванием белков фактора транскрипции с короткими участками ДНК, называемыми регуляторными элементами, которые служат в качестве выключателей для экспрессии генов. Возможность включения и выключения генов позволяет экспрессировать уникальные комбинации генов в каждом типе клеток.

Исследователи HudsonAlpha вместе с сотрудниками Mendenhall, Wold, Mortazavi и Hardison изучили около четверти всех экспрессированных транскрипционных факторов в клеточной линии рака печени человека, что делает его самым крупным исследованием транскрипционных факторов, экспрессируемых на физиологических или нормальных уровнях. назначить свидание.

«Понимание геномных целей факторов транскрипции жизненно важно для понимания многих аспектов биологии, включая регуляцию генов, развитие и помощь в определении биологических механизмов многих заболеваний и расстройств», - сказал Крис Партридж, доктор философии, старший научный сотрудник HudsonAlpha и соавторов. 

Анализируя такую ​​большую группу факторов транскрипции, исследователи смогли выявить новые ассоциации между факторами транскрипции, детализировать их пространственные взаимодействия с ДНК и различить те, которые взаимодействуют с промоторами, и те, которые взаимодействуют с энхансерами в геноме. Все эти результаты делают исследователей на один шаг ближе к пониманию того, как функционирует геном человека, как в нормальной биологии, так и в болезненных состояниях.

Проект ENCODE подчеркивает важность совместных исследований, что является отличительной чертой миссии HudsonAlpha

В дополнение к амбициозным усилиям по изучению человеческого генома, ключевым признаком Проекта является полная и быстрая доступность открытого доступа к данным, созданным членами Консорциума ENCODE, что привело к более чем 2000 публикациям от исследователей, не являющихся членами ENCODE, которые использовали данные, полученные в рамках проекта ENCODE. Рик Майерс, доктор философии, президент, научный директор и кафедра MA Loya по геномике в HudsonAlpha, лаборатория которой является членом Консорциума ENCODE с момента его создания в 2003 году, говорит, что он гордится долгосрочным и широким сотрудничеством характер проекта.

«Одна вещь, которую мы узнали о работе над проектом« Геном человека », заключается в том, что огромные усилия, такие как проект ENCODE, работают гораздо эффективнее, когда исследовательские группы координируют свои усилия, в частности потому, что задача ENCODE состоит в том, чтобы генерировать ресурс данных, материалов и результатов, которые должны быть используется всем исследовательским и биомедицинским сообществом ", - сказал Майерс. «Еще одна вещь, которую мы осознали на раннем этапе, заключается в том, что предоставление данных, свободно доступных для всех на еженедельной основе, до публикации и без каких-либо ограничений, позволяет исследователям во всем мире продвигаться вперед в своих исследованиях гораздо быстрее, чем это было бы возможно в противном случае».

 



Актуальные новости

  • Сутки
  • Неделя
  • Месяц